Jakarta, CNN Indonesia –
Tim peneliti dari Universitas Gadjah Mada (UGM) menyatakan telah menganalisis virus corona SARS-CoV-2 dengan mutasi D614G. Hasil penelitian menunjukkan mutasi D614G mendominasi kasus positif di Indonesia hingga saat ini.
Penelitian yang dipimpin oleh Gunadi, Ketua Kelompok Kerja Genetika (Pokja Genetik), FKKMK UGM ini telah dipublikasikan di Research Square pada 24 September 2020. Studi ini masih dalam tahap pracetak dan belum dilakukan peer review.
Tujuan utama penelitian ini adalah untuk melaporkan urutan genom lengkap SARS-CoV-2 yang dikumpulkan dari empat pasien Covid-19 di Yogyakarta dan Jawa Tengah.
Selain itu, penelitian ini untuk membandingkan distribusi klade sekuens genom durasi penuh dari Indonesia dari Maret hingga September 2020 dan melakukan analisis filologi lengkap dari genom SARS-CoV-2 dari berbagai negara, termasuk Indonesia.
Tim peneliti menggunakan metode whole genome sequencing (WGS) dan menggunakan virus corona SARS-COV2 yang pertama kali terdeteksi di Wuhan yaitu hCoV-19 / Wuhan / Hu-1/2019. Untuk analisis filologetik, mereka mengumpulkan data 88 genom lengkap SARS-CoV-2 dari berbagai negara, termasuk Indonesia, yang tersedia di GISAID.
Hasilnya, peneliti menemukan tiga dari empat pasien mengalami mutasi D614G. Penderita yang mengalami mutasi D614G adalah wanita usia 83 tahun, wanita 77 tahun, wanita 55 tahun. Sedangkan wanita yang tidak mengalami mutasi berusia 30 tahun.
Tiga pasien yang memiliki mutasi D614G didiagnosis dengan Covid-19 sedang dan pneumonia ringan. Sedangkan pasien tanpa mutasi hanya mengalami gejala ringan.
Lebih lanjut, tim peneliti juga membandingkan 60 sekuens genom dari Maret hingga September 2020. Berdasarkan data tersebut, 39 dari 60 genom virus (65 persen) mengandung mutasi D614G yang mewakili clade G (2), GR (7), dan GH (30). ). .
“Sejak Maret hingga April 2020, Clade L tampil dominan. Di sisi lain, deteksi GH clade sudah meningkat sejak April 2020 hingga saat ini,” ungkap hasil penelitian.
Sementara itu, analisis filogenetik seluruh sekuensing genom menunjukkan bahwa tiga sampel virus (EPI_ISL_525492, EPI_ISL_516800 dan EPI_ISL_516829) termasuk dalam klade GH dan termasuk di antara virus SARS-CoV-2 dari Asia (Indonesia, Vietnam, China, Singapura, Korea Selatan, Arab Saudi, India., Jepang) dan Eropa (Inggris dan Italia).
Di sisi lain, satu sampel virus (EPI_ISL_516806) termasuk dalam clade L dan berada di cluster dengan virus SARS-CoV-2 g, terutama dari Asia (Wuhan, Malaysia, Indonesia, India, Uni Emirat Arab, dan Jepang), “studi tersebut mengutip. bahwa.
Riset mendalam tentang perkembangan mutasi virus corona di Indonesia
Dalam analisisnya, Gunadi dkk menyampaikan temuannya sesuai dengan keadaan di Indonesia yang menunjukkan bahwa pada saat pandemi awal Maret-April hanya terdeteksi dua klade yaitu O dan L, dengan klade L terakhir lebih dominan daripada Covid- 19 kasus.
Namun, virus ini telah terdeteksi lebih sering dibandingkan klade lain sejak deteksi pertama klade GH pada April 2020. Artinya, peneliti perlu menambah jumlah sampel untuk membuktikan peningkatan jumlah pasien Covid-19.
“Apakah ini berkorelasi dengan peningkatan jumlah Covid-19 baru-baru ini di Indonesia harus diselidiki lebih lanjut,” kata Gunadi dkk.
Hal yang menarik dari penelitian ini, kata para peneliti, adalah bahwa situasi serupa ditemukan di beberapa negara di Amerika Utara dan Afrika, yang juga mendeteksi lebih banyak galur virus SARS-CoV-2 yang tergabung dalam klade GH dibandingkan klade lainnya. Peningkatan deteksi SARS-CoV-2 yang membawa mutasi D614G juga bertepatan dengan situasi Covid-19 global baru-baru ini.
Tim peneliti mengatakan bahwa WGS sangat penting untuk menentukan varian dan klade virus, serta untuk menentukan pendekatan klinis dan politik di tingkat regional dan lokal. Selain itu, perbedaan angka fatalitas dan penyebaran virus atau penularan antar negara atau wilayah berbeda yang dipengaruhi oleh perbedaan klade virus perlu dikaji lebih lanjut.
“Penelitian lebih lanjut dengan ukuran sampel yang lebih besar diperlukan untuk menyelidiki apakah SARS-CoV-2 dominan yang membawa mutasi D614G disebabkan oleh efek pendiri atau mekanisme lain dan untuk mengeksplorasi peran mutasi D614G dalam patogenesis dan virulensi SARS- CoV-2, “katanya. Gunadi dkk.
(jps / mic)
[Gambas:Video CNN]