Melacak Mutasi Virus Corona di Indonesia

SuaraBogor.id – Berbagai mutasi virus corona atau varian genom yang kini menjadi ancaman paling mematikan di seluruh dunia, ketika penularan COVID-19 semakin tidak terkendali di Indonesia, sangat penting untuk dipahami sangat penting.

Pengetahuan yang baik tentang mutasi genom ini akan membantu kita mencegah penularan virus di Indonesia.

Penelitian terbaru oleh kelompok kerja genetik dan tim Universitas Gadjah Mada berhasil mengidentifikasi semua informasi genetik dari 19 sampel virus SARS-CoV-2 dari Yogyakarta dan Jawa Tengah.

Dari jumlah tersebut 17 diantaranya mengandung mutasi D614G (kelompok GH dan GR). Sedangkan satu virus lainnya dimasukkan sesuai dengan komposisi genom virus SARS-CoV-2 dari Wuhan China (grup L) dan satu grup O.

Mutasi virus adalah perubahan sifat atau struktur genetik virus, yang terjadi ketika virus berkembang biak di dalam sel inang.

Mutasi D614G memiliki konsekuensi serius: virus korona yang bermutasi ini memiliki 10 kali lipat infektivitas sel yang dibudidayakan, virus lebih hidup pada manusia, dan virus menyebar 20% lebih cepat di antara manusia.

Mutasi D614G juga berdampak pada semakin banyaknya virus korona di tubuh pasien COVID-19.

Perjalanan mutasi D614G di Indonesia

Secara umum SARS-CoV-2 dibagi menjadi 8 kelompok (clades) berdasarkan jenis mutasinya: L, S, V, G, GH, GR, GV dan O.

Grup G, GH, GR, dan GV berisi mutasi D614G.

Riset kami menunjukkan bahwa virus dengan mutasi D614G pertama kali terdeteksi di Indonesia pada awal April 2020 di Surabaya, Jawa Timur. Virus jenis ini juga sudah terdeteksi di Yogyakarta, Jawa Tengah, Jawa Timur, Jakarta, Banten, Sumatera Utara, Kalimantan Tengah, Kalimantan Selatan, dan Bali. Kami mengambil 110 sampel virus dari semua area ini.

Pada awal pandemi, berdasarkan database GISAID Internasional SARS-CoV-2 (Global Initiative on Sharing All Influenza Data), virus SARS-CoV-2 di Indonesia didominasi oleh golongan L tanpa mutasi D614G.

Menariknya, hingga akhir November 2020, ketika terdapat 110 genom virus SARS-CoV-2 asal Indonesia di database GISAID, virus SARS-CoV-2 dengan mutasi D614G mendominasi. Terdapat 65 (59%) dari 110 virus asal Indonesia yang mengandung mutasi D614G.

Hal tersebut sejalan dengan data penyebaran virus SARS-CoV-2 di dunia.

Pada awal pandemi virus dengan mutasi D614G hanya ditemukan sekitar 10%, kemudian hingga akhir Maret naik menjadi 67%.

Hingga akhir November 2020, virus dengan mutasi D614G telah mendominasi 90% virus dunia.

Pergeseran dominasi virus dengan mutasi D614G awalnya terjadi di Eropa, kemudian disusul di Amerika Utara, Oceania dan Asia. Hal ini menunjukkan bahwa penyebaran virus tidak lepas dari mobilitas manusia yang sangat dinamis.

Hingga 16 Desember 2020, jumlah pasien COVID-19 yang dikonfirmasi secara global telah mencapai lebih dari 73 juta, dengan jumlah kematian lebih dari 1,6 juta. Amerika Serikat (Amerika Utara), India (Asia), dan Brazil (Amerika Selatan) menjadi negara dengan kasus COVID-19 terbanyak. Indonesia menyumbang lebih dari 630 ribu kasus positif hingga 16 Desember.

Menariknya, dalam penelitian kami, berdasarkan analisis asal muasal virus tersebut, ketiga virus dengan mutasi D614G dari Yogyakarta dan Jawa Tengah tersebut membentuk cluster tidak hanya dengan virus dari benua Asia, tetapi juga dengan virus dari benua Eropa.

Sedangkan virus lainnya (L) membentuk cluster dengan virus hanya dari benua Asia. Cluster disini berarti virus mempunyai struktur kode genetik yang sama. Saat ini, karena sudah menjadi pandemi, sulit untuk melacak asal muasal virus. Sehingga saat ini kurang relevan untuk membahas asal mula virus SARS-CoV-2.

Posisi mutasi D614G dalam genom virus SARS-CoV-2

Sebuah studi in vitro (skala laboratorium) di Amerika Serikat dan Inggris menunjukkan virus dengan mutasi D614G memiliki tingkat infeksi 10 kali lebih tinggi daripada virus tanpa mutasi.

Penelitian lain dalam skala laboratorium juga menunjukkan hal yang sama. Virus dengan mutasi D614G menjadi lebih menular dan berkembang biak lebih cepat dalam sel saluran napas manusia. Studi yang sama pada hamster menunjukkan bahwa virus dengan mutasi D614G menyebar lebih cepat dan bertahan lebih baik.

Menariknya, penelitian di Inggris menunjukkan bahwa virus dengan mutasi D614G cenderung menyebar lebih cepat daripada virus tanpa mutasi. Perbedaan kecepatan penyebaran virus dengan mutasi D614G antar manusia lebih tinggi sekitar 20% dibandingkan dengan virus tanpa mutasi.

Mutasi D614G terletak di protein S, di jalan napas manusia. Protein ini mengikat reseptor Angiotensin converting enzyme 2 (ACE2) atau angiotensin converting enzyme untuk menginfeksi sel pernapasan manusia.

Mutasi D614G mengubah protein S menjadi struktur yang lebih longgar sehingga lebih mudah mengikat dan menyatu dengan sel pernapasan manusia.

Mutasi virus tidak selalu negatif. Sisi positif dari mutasi ini adalah vaksin lebih mudah masuk ke dalam virus yang memiliki struktur protein yang longgar sehingga virus menjadi lemah.

Pasien COVID-19 dengan virus yang disertai mutasi D614G memiliki viral load lebih tinggi daripada pasien COVID-19 dengan virus tanpa mutasi ini. Penelitian terbaru menunjukkan bahwa pasien dengan viral load yang lebih tinggi memiliki gejala klinis yang lebih buruk dan peningkatan risiko kematian.

Namun, penelitian terbaru lainnya di Inggris dan Amerika, negara bagian Washington, dan satu penelitian lagi menunjukkan mutasi D614G tidak terkait dengan tingkat keparahan pasien COVID-19.

Jadi, bisa jadi ada pasien COVID-19 dengan mutasi D614G yang asimtomatik, mengalami gejala ringan, atau kritis.

Pengaruh mutasi Inggris baru di Asia

Selain mutasi di atas, baru-baru ini terdapat laporan bahwa ditemukan kelompok mutasi baru di Inggris yaitu VUI-202012/01 yang terdiri dari 9 mutasi. Salah satunya adalah mutasi N501Y yang dinilai paling berpengaruh terhadap virus corona.

Mutasi N501Y, mirip dengan D614G, terletak pada protein S yang mengikat reseptor ACE2 pada manusia. Secara teori, mutasi ini dianggap lebih menular dan menyebar lebih cepat di antara manusia.

Mutasi ini awalnya terdeteksi di Inggris pada awal September 2020, kemudian jumlahnya meningkat signifikan hingga Desember ini.

Sejauh ini, belum ada bukti bahwa mutasi ini lebih ganas. Begitu pula, tidak ada bukti bahwa mutasi ini memengaruhi vaksin korona yang ada.

Mutasi N501Y ini juga ditemukan signifikan di Afrika Selatan. Namun di Asia hingga 23 Desember 2020, mutasi N501Y ini hanya ditemukan di satu kasus di Singapura. Kasus serupa belum ditemukan di Indonesia.

Dengan perkembangan mutasi virus yang sangat dinamis, tentunya peran genomic tracing untuk virus corona menjadi sangat penting, termasuk di Indonesia. Minimal mengendalikan dan mencegah penyebaran infeksi virus corona di masyarakat.

Apakah mutasi D614G berpengaruh pada pengembangan vaksin?

Pengaruh mutasi D614G pada pengembangan vaksin masih diselidiki. Belum ada yang memastikan bahwa vaksin akan berguna untuk semua jenis mutasi SARS-CoV-2. Penelitian yang ada masih kontroversial.

Sebagai contoh, sebuah penelitian menunjukkan bahwa plasma pasien COVID-19 yang mengandung antibodi mampu melemahkan kedua strain virus SARS-CoV-2 dengan atau tanpa mutasi D614G.

Di sisi lain, penelitian lain menunjukkan bahwa sekitar 7% plasma pasien COVID-19 yang mengandung antibodi menunjukkan penurunan kemampuan melemahkan virus SARS-CoV-2 dengan mutasi D614G.

Dengan demikian, dapat disimpulkan bahwa keberadaan mutasi D614G belum terbukti berpengaruh signifikan terhadap perkembangan vaksin korona saat ini.

Yang jelas, mutasi virus ini berdampak pada semakin cepatnya virus menyebar di masyarakat. Oleh karena itu, perlu dilakukan penguatan pencegahan di tingkat masyarakat dengan menjaga jarak fisik, pemakaian masker, dan cuci tangan pakai sabun.

Pemerintah perlu meningkatkan pelacakan dan pengujian kasus sehingga mereka yang terinfeksi tidak terus menularkan virus ke orang lain.

Ulasan ini telah diterbitkan di The Conversation.